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污染是細胞培養(yǎng)的大敵。防備和避免污染是細胞培養(yǎng)成功的關鍵之一。一開端就要十分重視，避免污染，不然會前功盡棄，不只糟蹋時間，并且糟蹋人力、物力，乃至構成無法彌補的丟失。 細胞培養(yǎng)中常見的生物污染類型有 7 種，分別是細菌污染、支原體污染、原蟲污染、黑膠蟲污染、真菌污染、病毒污染以及非細胞污染。他們在細胞培養(yǎng)中污染的特色如下：
1. 細菌：細菌在一般倒置顯微鏡下為黑色細沙狀，根據(jù)感染細菌的不同，可有不同的外形，培養(yǎng)液一般會污濁變黃，對細胞成長影響顯著。
2. 支原體：黑色的，好象多為多形，培養(yǎng)液一般培養(yǎng)液一般會污濁，原體感染，國內血清許多都沒有做支原體陰性檢測，而支原體是牛血清中最常見的微生物之一。并且它不能用過濾的方法除掉。支原體感染細胞今后，細胞病變不很顯著，僅僅漸漸死去。
3. 黑膠蟲：能夠穿透濾膜，也能夠經過空氣傳達，低倍下為黑色點狀，高倍下可看見黑色的小蟲游來游去，培養(yǎng)液也是不渾的，一般不會太影響，細胞仍是能夠用的。常常是細胞成長狀況杰出，且觀測到的運動物無顯著增多，且培養(yǎng)液顏色、透明度無顯著變化，可在同一批號的血清養(yǎng)的細胞中發(fā)現(xiàn)類似現(xiàn)象。對細胞成長狀況不會有顯著影響，在細胞增殖旺盛之后會自然消失，除替換血清外無須特別處理。
4. 真菌：一般培養(yǎng)液清亮，不變色，鏡下有絲狀物，有些真菌開端很像死細胞碎片，僅僅它許多許多的小塊很清楚，象珊瑚狀，不象細胞碎片分不清，漸漸的會長出很細的黑色絲狀物。真菌成長的比較慢，不象細菌那么簡單被發(fā)現(xiàn)，可是一旦發(fā)現(xiàn)有它的存在細胞就被污染了，也很難救活了。
5. 原蟲：培養(yǎng)液可細微污濁，顯微鏡下那些細微的點狀物數(shù)量十分多，細微活動，細胞雖然能夠成長但繁衍速度卻顯著減慢，并且細胞狀況欠好，邊際不清楚，細胞不透亮。他們與細胞可共生但會與細胞搶奪養(yǎng)分。這種共生是十分遍及的，但他們的數(shù)量小，細胞站優(yōu)勢所以不會影響到細胞的正常成長，只有當他們抵達必定的數(shù)量時就會影響到細胞的成長，終究構成惡性循環(huán)。
6. 病毒：安排細胞培養(yǎng)過程中，假如沒有除掉潛在的病毒，就會發(fā)作病毒污染?，F(xiàn)在，從原代猴腎細胞的培養(yǎng)中已發(fā)現(xiàn)不少于 20 種血清性病毒。 雖然病毒污染的細胞不影響原代培養(yǎng)，但出產疫苗是不安全的。因而，潛在病毒是細胞大量出產和疫苗、干擾素等生物制品制作中的難題
7. 非同種細胞污染 ：便是細胞穿插污染，因為細胞培養(yǎng)操作時各細胞株所需的器件和溶液沒有嚴格分開，往往會使一種細胞被另一種細胞污染?，F(xiàn)在，世界上已有幾十種細胞都被 HeLa 細胞所污染，致使許多實驗宣告無效。非細胞培養(yǎng)物所構成的化學成分的污染也偶有發(fā)作，大多是因為細胞培養(yǎng)所需物品清洗消毒不完全而帶入一些有毒化學物質所造成的。 在上述的八種污染物中，黑膠蟲是現(xiàn)代細胞培養(yǎng)中評論比較多的，但大多數(shù)文獻未對其進行描繪或一帶而過，就像上面關于描繪黑膠蟲的狀況是不完整，還有許多不明的狀況。對其身份有多種猜想，到現(xiàn)在都沒有權威地對黑膠蟲進行分類學上的歸類。黑膠蟲究竟是不是一種生物，假如是那黑膠蟲會是何種生物，假如不是，那黑膠蟲會是什么？一系列的問題都懸在斗爭在細胞生物學范疇的學者們的心中。